فیلم براساس داستانی واقعی روایت شده و در مورد یک ماهیگیر دلشکسته به نام "ژوائو" است که پنگوئن تنهایی را پیدا کرده و از نشت نفت در اقیانوس نجات می‌دهد. حال میان پنگوئن و ماهیگیر دوستی عمیقی شکل می‌گیرد که حتی اقیانوس وسیع هم نمی‌تواند آن‌ها را از هم جدا کند. اکنون ژوائو پس از سال‌ها احساس شادی می‌کند، اما ...

«راز کوچک» فیلمی با سه داستان درهم‌تنیده است که همگی به واسطه یک راز مشترک به هم متصل می‌شوند؛ رازی که در نهایت زندگی تراژیک اما زیبای سه خانواده را آشکار می‌سازد و نشان می‌دهد که چگونه امید، رویاها و سرنوشت می‌توانند افرادی از نقاط بسیار متفاوت جهان را به یکدیگر پیوند دهند.